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La Enfermedad de Newcastle (ENC) es el problema sanitario más importante para el sector avícola colombiano con efectos negativos no solamente en la salud de las aves, sino también en lo relacionado con su impacto sobre la economía de la avicultura nacional, al causar alta morbi-mortalidad, tener un efecto negativo sobre el medio ambiente y sobre la capacidad exportadora de un país que busca expandir su mercado internacional.
Indirectamente, la ENC tiene un efecto sobre la inocuidad, dado que muchas veces se requiere de la implementación de tratamientos con antimicrobianos para el control de las enfermedades bacterianas secundarias, lo que puede llevar a la presencia de residuos en los productos y contribuir con la resistencia bacteriana. Por otra parte, reduce el tiempo de anaquel tanto de carne de pollo o huevos provenientes de aves afectadas por esta enfermedad. Otro efecto importante de la ENC es a nivel ambiental, ya que la presentación de una alta mortalidad se constituye en otro reto para la industria, que debe disponer de las carcasas de las aves muertas sin afectar el medio ambiente, evitando la diseminación de la enfermedad por esta vía, situación que es muy difícil de manejar ante la presentación de altas mortalidades.

La Laringotraqueítis Infecciosa Aviar (LTI) es una enfermedad respiratoria de las aves, confinada al sistema respiratorio superior, que por lo general se presenta con un cuadro clínico severo. Afecta pollos y gallinas en explotaciones comerciales, con preferencia de aquellas ubicadas en zonas con alta densidad avícola. Una particularidad de esta enfermedad es que aves vacunadas pueden actuar como reservorios. Así, dependiendo del tipo de vacuna utilizada, es posible que se presenten brotes de origen vacunal. Las condiciones de alojamiento de las aves juegan un papel preponderante en la presentación de la enfermedad, que puede tener manifestaciones dramáticas o simplemente cursar como una enfermedad respiratoria leve que a menudo solo ocasiona muerte en las aves más débiles.

La Bronquitis Infecciosa (BI) es una enfermedad altamente contagiosa de las aves domésticas, descrita por primera vez en Estados Unidos en 1930 y actualmente distribuida por todo el mundo. Afecta principalmente el sistema respiratorio superior de las aves, siendo especialmente susceptibles los pollos y las gallinas.

El impacto de esta enfermedad sobre la economía de la industria avícola es alto, no solo por la enfermedad respiratoria aguda en sí, sino también por la interacción con otros agentes (virus y bacterias), lo que permite la presencia de enfermedades secundarias, especialmente de origen bacteriano. El virus de la BI (VBI) juega un papel preponderante en la presentación del complejo respiratorio aviar, incluyendo el síndrome de cabeza hinchada y la enfermedad respiratoria crónica. Otro aspecto importante a considerar es el efecto que tiene en las aves productoras de huevos, pues su presentación subclínica en forma temprana en pollitas reproductoras o ponedoras comerciales puede resultar en ausencia total de la producción o en una anormalidad en la calidad interna y externa del huevo. Cuando se afectan aves en producción se pueden observar caídas drásticas de la postura.

La Micoplasmosis aviar es una enfermedad que causa grandes pérdidas económicas a la avicultura mundial. Aunque son muchas las especies de micoplasmas aisladas de las aves y otras especies, para la avicultura son especialmente importantes Mycoplasma gallisepticum (MG) y M. synoviae (MS); para países con explotaciones importantes de pavos, M. meleagridis (MM) y M. iowae (MI) son consideradas las de mayor importancia. En Colombia, MG y MS están presentes tanto en el sector carne de pollo como en el sector huevo; estudios realizados por Ventura (2013) determinaron que en 193 muestras provenientes de granjas de ponedoras y reproductoras pesadas se identificó la presencia de (MG) en un 48,2 % y de MS en un 69.9 % de las muestras analizadas. Existe una gran diversidad antigénica entre cepas tanto de MG como de MS; esta característica ofrece un reto adicional para el control.